Tous connaissent l'histoire du  Cœur Écarlate, le célèbre bateau pirate et de son capitaine, transformé en monstre suite à une malédiction la condamnant à hanter les sept mers jusqu'à la fin des temps. Tous savent également qu'il faut éviter à tout prix les voiles rouges sang du navire, sous peine de se heurter à l'enfer lui-même.

Mais très peu de gens connaissent la Faveur de Neptune, un objet magique pouvant accorder à quiconque le possède tout ce que son cœur désire. 

La jeune Twilight Sparkle sait mieux que quiconque que ces deux histoires sont plus que de simples histoires. Même si elle n'avait jamais imaginée se retrouver un jour sur le Cœur Écarlate à la recherche du trône de Neptune où attend son souhait le plus cher. 

Sunset Shimmer vit chaque jours un véritable cauchemar. Elle est prête à tout pour se débarrasser de sa forme monstrueuse et Twilight va faire tout son possible pour l'aider. 

Mais elles ne sont pas les seules à chercher la Faveur de Neptune. Ainsi débute la plus grande chasse au trésor que le monde ait jamais connue, dans laquelle plusieurs individus convoitent la Faveur de Neptune afin de réaliser leur souhait et être couronné seigneur des mers.